盐城市中医院是一所国家三级甲等综合性中医院、南京中医药大学附属医院，国家重点建设的地市级中医院。设病区20个，开放病床800张。现有职工700余人，其中中高级职称300余人，省、市名中医26人，有突出贡献专家和享受政府特殊津贴专家5人，国家级名老中医带徒指导老师3人，南京中医药大学硕士研究生导师8人，硕士研究生学历80余人。设内、外、妇、儿、感染性疾病、针灸、骨伤、推拿、肛肠、肿瘤、眼科、耳鼻咽喉、皮肤、口腔、急诊等18个一级临床科室，脾胃、心血管、肾病、肝胆、肺病、脑病、神经内科、普外、胸外、脑外、泌尿外科、康复、等12个二级临床科室，咳嗽、中风、椎间盘突出症、脉管炎、乳房病、男性病、不孕症等41个专科专病门诊以及省级名医工作室两个；拥有核磁共振、螺旋CT、彩超、数字胃肠机、立体定向超级伽马刀、DR、全自动生化分析仪、电子内窥镜、动态心电图等大型医疗仪器设备。医院附设“盐城中西医结合肿瘤医院”。
该院拥有一批重点特色专科和临床重点学科。肿瘤科、儿科是国家级重点专科；脾胃内科、骨伤科是省级重点专科；脑病科、心血管内科是省“十二五”重点专科建设单位；肛肠科、肝胆内科、胸外科、内分泌科、肺内科、急诊科、护理学科等是市级重点专科。儿科、脾胃、心血管、肝胆、内分泌、脑病科采用中西医结合治疗疑难急重症，优势突出；肿瘤科擅长于食管癌、肝癌、妇科癌肿等各种肿瘤的中医中药、手术、放疗、化疗、介入等综合治疗；推拿科、妇产科、中医外科、皮肤科等传统专科，中医特色显著，疗效独特；胸外科、脑外科、普外科、骨外科、妇外科、泌尿外科等外科系统技术力量雄厚；急诊绿色通道24小时开通，是市卫生局指定的市区三大急救治疗中心之一。医院与上海长海医院、仁济医院、瑞金医院、江苏省人民医院、省中医院等上级医院建立了良好的协作关系，长期得到技术支持。