昆明市第二人民医院始建于1952年5月，由原云南军区组建，时名“云南省第二医院”。 1952年11月交由云南省卫生厅管理，命名为“云南省慢性病疗养院”，1954年更名为 “云南康复医院”；1960年交由昆明市卫生局管理，更名为“昆明市第二人民医院”， 1986年云南省卫生厅再次批复“云南康复医院”为第二名称，1995年被评为“三级乙等综合医院”，2015年通过“三级乙等综合医院”复审，2018年创建成为“老年友善医院”。经过67年的努力，现已发展成为以老年医学和康复医学为优势的集医疗、教学、科研、预防、保健等为一体的三级综合医院，是昆明学院非直属附属医院，昆明医科大学、云南中医学院等10余所医学院校的教学、实习医院，第一批云南省助理全科医师培训基地。
2019年6月为配合国家植物博物馆建设，位于植物博物馆选址核心区的我院进行了搬迁，现过渡安置在三个院区，北院区（龙泉路871号）、南院区（龙泉路672号附2号、龙泉路935号、霖雨路121号）、东院区（光明路338号）。医院现有在职职工877人，床位1000张，临床科室25个（老年一科、老年二科、老年三科、呼吸与危重症科、康复医学科、心血管内科、内分泌科、消化内科、肿瘤科、儿科、妇产科、骨关节诊疗中心、疼痛科、神经外科、普外科、泌尿外科、中医科、口腔科、急诊科、精神科、肾内科、神经内科、麻醉科、皮肤科），医技科室4个，职能科室9个。我院是云南省最具规模的老年医疗与康复机构之一，老年病科、呼吸内科为省级临床重点专科，康复医学科为省级临床重点专科省院共建项目，老年护理专业为省级临床重点专科培育项目，是昆明市0-6岁残障儿童抢救性康复机构。医院有昆明市老年综合评估技术中心、昆明市老年胃肠外科治疗技术中心、昆明市老年麻醉技术中心、昆明市老年骨关节病诊疗技术中心、昆明市吞咽障碍治疗中心等5个技术中心。市级“百工程”知名专家3名，“千工程”学科带头人2名、后备人选29名。于2016年筹办成立了“昆明市医养协会”，现有100余家会员单位。