想象一下，你正在阅读一篇揭示肝癌免疫微环境复杂性的重磅文献，而这时，一个AI驱动的神器出现了——它不仅能让你轻松解读上百万个单细胞的数据，还能将这些数据化繁为简！这就是文中提到的互动式网络工具scPLC。(数百种基因集，注释神器！！ 文末工具有链接）
你是否在为研究中不同免疫亚型、肿瘤相关中性粒细胞（TANs）的功能异质性发愁？这个工具能帮你瞬间获取每个细胞亚群的详细信息，从免疫激活到免疫抑制，再到肿瘤进展的关键驱动因子。它不仅仅是个数据展示平台，更是你的AI助手，随时待命，为你揭示隐藏在庞大数据中的模式和趋势。
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肿瘤免疫微环境（TIME）的异质性是导致肿瘤转移、复发和药物耐受的重要因素。然而，不同TIME亚型与肝癌临床相关性的联系仍不清楚。因此，本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析肝癌患者样本，旨在揭示TIME亚型及其在临床中的作用。
研究中，作者从124名肝癌患者和8只小鼠中收集了189个样本，使用scRNA-seq分析超过一百万个细胞。研究将肝癌患者分为五种TIME亚型，包括免疫激活、髓系或基质细胞介导的免疫抑制、免疫排斥和免疫居住表型。重点分析了肿瘤相关中性粒细胞（TAN）在免疫抑制中的作用，并使用体外诱导和患者样本分析来验证这些TAN的功能。
TIME亚型的分类：作者通过层次聚类分析将TIME分为五个亚型（TIME-IA, TIME-ISM, TIME-ISS, TIME-IE, TIME-IR）。其中，TIME-IA表现为免疫激活状态，TIME-ISM和TIME-ISS则表现出免疫抑制特征，TIME-IE为免疫排斥表型，TIME-IR表现为免疫居住。
TAN的作用：研究发现，TAN在TIME-ISM亚型中富集，且与不良预后相关。通过体外实验，研究表明CCL4+ TAN可以招募巨噬细胞，而PD-L1+ TAN则能够抑制T细胞的细胞毒性功能。
中性粒细胞异质性：中性粒细胞根据其所在的组织位置及功能被分为不同亚群。作者观察到不同的中性粒细胞亚群在肝癌中表现出特定的基因表达模式，其中部分亚群在肿瘤中发挥促肿瘤作用。
研究通过大规模单细胞测序构建了肝癌的细胞异质性图谱，展示了不同亚型的免疫细胞和肿瘤细胞之间的相互作用。
TIMELASER分类系统提供了对TIME的精细划分，结合了细胞类型、基因表达特征和生存分析，揭示了不同亚型的预后相关性。
scRNA-seq和空间转录组学的结合，使得研究能够以空间分辨率解析肝癌中的免疫微环境。
预后标志物：TAN特别是PD-L1+和CCL4+亚群的富集与患者预后不良相关，提示它们可以作为潜在的预后标志物。
免疫治疗靶点：研究表明，针对TAN的免疫治疗，尤其是结合PD-L1抑制剂，可能是改善肝癌治疗效果的有效策略。
本研究揭示了肝癌中肿瘤免疫微环境的异质性，特别是TAN在免疫抑制中的作用。研究强调了TAN在肝癌进展中的促肿瘤功能，并为开发新的免疫治疗策略提供了重要的依据。
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数据：
本文报道的原始测序数据已存放在国家基因组学数据中心（北京，China） 的 ID PRJCA007744。
代码：
代码已存入 GitHub (https://github.com/ meta-cancer/scPLC）。
scPLC工具链接：http://meta-cancer.cn:3838/
【参考文献】
Xue, R., Zhang, Q., Cao, Q., Kong, R., Xiang, X., Liu, H., Feng, M., Wang, F., Cheng, J., Li, Z., Zhan, Q., Deng, M., Zhu, J., Zhang, Z., & Zhang, N. (2024). Liver tumour immune microenvironment subtypes and neutrophil heterogeneity. Nature, 25(8), 1474–1488.